Na wiadomość o niepowodzeniu wojsk francuskich w Europie Napoleon 24 sierpnia 1799 r. opuścił Egipt. Do Francji dotarł 14 października, a 9 listopada (18 Brumaire'a) dokonał zamachu stanu i obalił rządy Dyrektoriatu. Po przejęciu dowództwa nad garnizonem paryskim zapewnił sobie stanowisko jednego z trzech konsulów, którzy sprawowali najwyższą władzę wykonawczą. Uchwalona w grudniu 1799 r. Konstytucja Roku VIII gwarantowała Napoleonowi stanowisko pierwszego konsula i dawała mu faktyczne prawo powoływania członków Rady Stanu, urzędników i sędziów. W lutym 1800 r. nową konstytucję wprowadzono w życie.
Sprawując funkcję pierwszego konsula, Napoleon w krótkim czasie skupił w swoich rękach pełnię władzy. Zmęczone latami rewolucyjnego zamętu społeczeństwo francuskie w większości z zadowoleniem przyjęło przejęcie władzy przez popularnego generała. Napoleon z energią przystąpił do przywracania w kraju porządku. Zreorganizował i skodyfikował system prawny państwa (kodeks Napoleona). W 1801 r. zawarł z papieżem Piusem VII konkordat, przywracający Kościołowi katolickiemu swobodę kultu. Podjął jednocześnie działania, mające na celu poprawę sytuacji ekonomicznej kraju. Wspierał rozwój przemysłu. Usprawnił system szkolnictwa. Rozwinął też wielki program inwestycji budowlanych. Jednocześnie na arenie międzynarodowej Napoleon kontynuował politykę ekspansji, dążąc do zapewnienia Francji dominującej pozycji w Europie. 14 czerwca 1800 r. pokonał wojska austriackie pod Marengo, zmuszając Austrię do podpisania 9 lutego 1801 r. w Luneville nowego układu pokojowego. 27 marca 1802 r. podpisał także układ pokojowy z Wielką Brytanią. 2 sierpnia 1802 r. na mocy przeprowadzonego plebiscytu Napoleon uzyskał godność dożywotniego konsula. Napoleon w dalszym ciągu wytrwale dążył do uzyskania przez Francję hegemonii. Utworzył Republikę Batawską w Holandii i Republikę Helwecką w Szwajcarii. Dokonał też aneksji Piemontu. Jednocześnie na terenie Niemiec podjął w 1803 r. działania mające na celu osłabienie pozycji cesarza. (Postanowił również przywrócić francuską zwierzchność nad Haiti). Zaostrzeniu uległy stosunki handlowe z Wielką Brytanią. W tej sytuacji wojna stała się nieunikniona. Doszło do niej już w maju 1803 r. Napoleon zgromadził potężną armię, liczącą 170 tysięcy żołnierzy i rozpoczął przygotowania do inwazji na Wielką Brytanię.